「ミュータント・ニンジャ・タートルズ3」を配信している動画配信サービス（VOD）

ニューヨーク、マンハッタンの下水道で、レオナルド（マーク・カーソ）、ラファエロ（マット・ヒル）、ドナテルロ（ジム・ラポーサ）、ミケランジェロ（デイヴィッド・フレイザー）の4匹のタートルズが修業している。そこへ美人テレビ・レポーターのエイプリル（ペイジ・ターコウ）が骨董品屋で買った奇妙な笏を持って現われる。落雷とともに彼女は消え、1603年の日本にタイムトラベルし、大名ノリナガ（サブ・シモノ）の城に現われる。エイプリルは魔女として地下牢に入れられ、そこでイギリス人の海賊ホウィット（エリアス・コティーズ）と会う。彼女と交換に現代のニューヨークに現われたのはノリナガの息子ケンシン（ヘンリー・ハヤシ）で、彼は父が自分の恋するミツ姫（ヴィヴィアン・ウー）の父を殺しため、父に反感を持っていた。タートルズはエイプリル救出のため、タイムトラベルし、牢からエイプリルを救出し、ホウィットも牢を出る。一方、タートルズの代わりには4人のノリナガの庸兵がニューヨークに送られ、タートルズの仲間ケイシー（コテアス二役）が彼らの遊び相手をしてやる。ノリナガはミツ姫の村に拾われ、反乱軍に加勢するタートルズを見て伝説の魔物だと恐れ、イギリス人で海賊船の船長ウォーカー（スチュアート・ウィルソン）から大砲や銃を買うことにする。タートルズの現代に戻る制限時間が迫って来た。が、タイムトラベルに必要な笏が紛失する。実はミツの村の長老がタートルズをこの時代に置いておくために隠していたのだ。だが、笏はスパイとなったホウィットを通じてウォーカーに盗まれる。タートルズはノリナガの城に乗り込み、決闘となる。ついに笏を取り返し、ミツ姫を恋したミケランジェロは後髪を引かれる思いだったが、タートルズとエイプリルは現代に帰って来る。再び過去に戻ったケンシンはミツ姫と結ばれるのだった。