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父ビトーからコルレオーネ・ファミリーのドンの地位を継承したマイケル（アル・パチーノ）が、ファミリーの存続のため兄フレドを殺してから20年を経た1979年。マイケルはバチカンのギルディ大司教（ドナル・ドネリー）と手を結び、ファミリーの永続的な繁栄を図ろうとする。しかしオペラ歌手をめざす息子アンソニー（フランク・ダンブロージョ）はそんな父と反目し合っていた。マイケルのカトリック教会からの叙勲を祝うパーティーの席上で、マイケルは10年前に別れた妻ケイ（ダイアン・キートン）と再会する。そしてそこにはマイケルの妹、コニー（タリア・シャイア）がファミリーの後継者にと思って連れてきた長兄の故ソニーの息子ヴィンセント（アンディ・ガルシア）の姿もあった。マイケルの娘メリーは従兄ヴィンセントに運命的な愛の予感を覚えてゆく…。かつてのコルレオーネ家の縄張りはジョーイ・ザザ（ジョー・マンティーニャ）によって牛耳られていた。ファミリーが犯罪から手を引き、合法的な仕事に移ることを宣言したマイケルはザザの配下にいたヴィンセントを自分のもとに置き、後継者として育てようとするが、そのことを契機にザザとヴィンセントの抗争が表面化し、暴力沙汰が起こってしまう。そんなヴィンセントにファミリーの記事を書くことを目的とした女性ジャーナリスト、グレイス（ブリジット・フォンダ）が接近する。一方、マイケルはＢ・Ｊ・ハリソン（ジョージ・ハミルトン）を新たな片腕として大司教との契約にこぎつけようとしていたが、法王の突然の発病で危機に直面する。そんなある日、父と和解したアンソニーのオペラ・デビューが決まり、ファミリーはその発祥の地であるシシリーに集まった。今、オペラの幕が上がろうとしている。だが、敵の手もすぐ近くに忍び寄り、オペラの最中にボディ・ガードが殺される。そして上演後の拍手喝采のあと、外に出たマイケルに向けて銃が放たれた。だが狙いははずれ、撃たれたのはメリーだった。マイケルの叫び声が響く。それから数年後、家の庭に腰かけていたマイケルに、静かな最期が訪れるのだった。