第弐拾話 心のかたち 人のかたち
EPISODE:20 WEAVING A STORY 2:oral stage
EVA初号機とのシンクロ率が400パーセントを越えたシンジの肉体はL.C.L.と融合してしまい、EVAから降りることが不可能な状態になっていた。L.C.L.のなかを漂いながら己との対話を続けるシンジ。そんな彼を救出すべく、リツコらはシンジのサルベージを計画、実行する。しかし、シンジはそれを拒絶。射出したエントリープラグからはシンジが溶けたL.C.L.が流れ出てしまい、そこにはただ、空のプラグスーツだけが残ったのだった。
第弐拾壱話 ネルフ、誕生
EPISODE:21 He was aware that he was still a child.
冬月がゼーレに拉致された。ゼーレによって詰問されるなかで冬月は碇ユイとの出会いや六分儀姓の頃のゲンドウのことを思い出していた。そして徐々に、セカンドインパクトとNERV誕生の真相が明かされていく。一方その頃ミサトはNERVに軟禁されていた。冬月を連れ戻した加持が、ミサトの前に姿を表すが…。
第弐拾弐話 せめて、人間らしく
EPISODE:22 Don't be.
アスカはシンクロ率の著しい低下により、自信を失いかけていた。そして忌まわしい過去の記憶が頭のなかに蘇る。そんななか、衛星軌道上に第15使徒アラエルが出現。自分の存在意義を賭け、作戦を無視して出撃するアスカだったが、使徒の精神攻撃を受けてしまう。弐号機は沈黙、アスカは精神汚染状態となり、完全にプライドを喪失してしまうのだった。
第弐拾参話 涙
EPISODE:23 Rei III
新たに出現した第16使徒 アルミサエルの迎撃のために出撃した零号機とレイは使徒からの侵食攻撃を受けてしまう。ゲンドウはレイのため初号機の凍結を解除。しかし、レイの救出に向かったシンジもまた、使徒から侵食されそうになる。そして、レイは自らのA.T.フィールドを反転させ、捨て身の攻撃に出るのだった。
第弐拾四話 最後のシ者
EPISODE:24 The Beginning and the End, or "Knockin' on Heaven's Door"
クラスメートが揃って疎開、アスカは廃人状態、シンジはさらに孤独を感じていた。そんななかシンジはフィフスチルドレン・渚カヲルと出会い、互いに心を通わすようになっていた。しかし、カヲルの正体はゼーレによってNERV本部に送り込まれた第17使徒 タブリスだった。それを知り、激昂するシンジ。そして、侵入したターミナルドグマであることに気付いたカヲルは、初号機で追撃してきたシンジに、自分を殺すよう告げるのだった。長い葛藤の末、シンジが出した答えは…。
第弐拾伍話 終わる世界
EPISODE:25 Do you love me?
全てを失い、精神が極限状態となったシンジは、自我と向き合い、煩悶していた。恐怖、嫌悪、偽善、欺瞞、現実、記憶、真実、望んだ世界…そして自らの存在理由を心のなかで自問するシンジ。閉ざされた空間と心の闇のなかで、「人類補完計画」のシナリオは破滅に向かっていくのだった。
最終話 世界の中心でアイを叫んだけもの
FINALE: Take care of yourself.
嫌いなものから逃げ出し、孤独な世界を望みつつも自分の存在価値を欲していたシンジの「補完」は続いていた。自分を形成するものは何なのか、自分の世界は何なのか、苦悩するなかでシンジは、現実とは異なるシナリオを思い描く。そして、「可能性」に気付き、新たな世界を望んだことで、シンジの「補完」は完了を迎えることとなった。
