第七話 人の造りしもの
EPISODE:07 A HUMAN WORK
EVAに対抗して、日本重化学工業共同体が開発した巨大人型自走兵器「Ｊ.Ａ.（ジェット・アローン）」がその完成披露会で暴走してしまう。遠隔操作でパイロットは存在しないため、暴走を止めるには、直接プログラム消去のパスワードを入力しなければならない。動力源である原子炉のメルトダウンの危機を省みず、ミサトは単独でＪ.Ａ.に乗り込むが…。
第八話 アスカ、来日
EPISODE:08 ASUKA STRIKES!
シンジらはミサトと、ドイツからEVA弐号機を搬送中の太平洋艦隊へ向かう。彼らはそこで、EVA弐号機パイロットの惣流・アスカ・ラングレーに出会う。また、ミサトはかつての恋人である加持リョウジと再会する。そんななか、水中に第6使徒ガギエルが出現、強気なアスカは、実力を見せるの絶好のチャンスだとばかりに、シンジと共に弐号機に乗り込み、出撃するが…。
第九話 瞬間、心、重ねて
EPISODE:09 Both of You, Dance Like You Want to Win!
アスカの駆るEVA弐号機のソニック・グレイブで両断された第7使徒イスラフェルが突如、2体に分離した。これらを殲滅するには、2体の核に同時に荷重攻撃を与えるしかない。ミサトはシンジとアスカのコンビネーションを高めるため、あらゆる方法を用いて「ユニゾン」の訓練を行う。
第拾話 マグマダイバー
EPISODE:10 MAGMADIVER
浅間山の火口の内部において、第8使徒サンダルフォンが卵の状態で発見され、NERVは使徒を生け捕りにする作戦を実行する。そして、アスカは耐熱耐圧装甲のD型装備の武装をしたEVA弐号機とともにマグマの中に潜っていく。使徒の捕獲に無事成功…したかにみえたが突如、使徒が羽化を開始。灼熱のマグマのなかを縦横無尽に駆け回る使徒を相手に苦戦を強いられるアスカだったが、昼間にシンジと話した、とある化学現象を思い出す。
第拾壱話 静止した闇の中で
EPISODE:11 The Day Tokyo-3 Stood Still
原因不明の停電に見舞われる第3新東京市。NERV本部も例外ではなく、ゲンドウらはNERVと都市機能を制御しているスーパーコンピューター「MAGI」と、ジオフロントの中心部に位置するセントラルドグマの維持に注力する。 そんななか、弟9使徒マトリエルが襲来、地上にいたシンジ、アスカ、レイの三人は自力でNERV本部へ向かおうとするが、なかなか意見がまとまらない。なんとか、本部へたどり着いたシンジらは3機のEVAで使徒を迎え撃つ。
第拾弐話 奇跡の価値は
EPISODE:12 She said, "Don't make others suffer for your personal hatred."
ゲンドウ不在のNERV本部を襲う第10使徒サハクィエルは、衛星軌道上から自らの身体を質量爆弾として落下させ、NERV本部を破壊しようともくろむ。勝率0.00001％という、作戦と呼べないような作戦を立案するミサトとそれに反対するリツコと怒るアスカ。だが、誰も辞退はせず、規則である遺書も書こうとはしない。そして、シンジ、アスカ、レイの3人は「奇跡」を起こすべく、EVAで出撃する。
第拾参話 使徒、侵入
EPISODE:13 LILIPUTIAN HITCHER
細菌サイズの第11使徒イロウルがNERV内部に侵入したことが発覚。急激に進化する使徒は、マギへのハッキングを開始。やがて、マギの人工知能の1つメルキオールを乗っ取り、NERV本部の自爆を提訴する使徒。それに対し、リツコは進化促進プログラムの投与し、進化の終着点である自滅へと導く作戦を提案する。残されたカスパーから、逆ハッキングを仕掛け自滅促進プログラムを送り込むリツコと、バルタザールとカスパーを手中に入れ、自爆決議を可決しようとする使徒。事態はスピードの勝負となった。
