碇シンジ
2001年6月6日。 A型。 年齢：14歳
所属：第3新東京市立第壱中学校2年A組
エヴァンゲリオン初号機パイロット
（サードチルドレン）
本作品の主人公（とされている）である14歳の少年。父は、NERV総司令の碇ゲンドウ、母はEVA開発のための実験中の事故で死亡（とされている）ユイ。幼少時に経験した母親の死と、父親に捨てられたことがトラウマとなっており、性格は内向的。サードチルドレンとしてNERV（＝父ゲンドウ）に呼び寄せられ、戸惑い、たびたび逃げ出しそうになるも、仲間との共同生活やEVAでの戦闘から、自分の居場所や存在意義を見つけ、成長していく。
「逃げちゃダメだ。逃げちゃダメだ。逃げちゃダメだ・・・」
「別れ際にさよならなんて、そんな悲しいこと言うなよ。自分には何もないなんて、そんなこと言うなよ。」
「笑えばいいと思うよ」
「わかったよ、バームクーヘン？」
綾波レイ
不明 不明
所属：第3新東京市立第壱中学校2年A組
エヴァンゲリオン零号機パイロット
（ファーストチルドレン）
物静かで、無表情、過去の経歴が全て抹消済という謎めいた少女。その正体は、初号機と同化した碇ユイをサルベージする際に生み出されたクローン体で、劇中で彼女自身が「自分は3人目だと思う」と発言している（1人目は赤木リツコの母であり、研究者でもあった赤木ナオコによって絞殺。2人目は、シンジと初めて出会った後、EVAに搭乗して使徒殲滅のために自爆）。「生命」や「自我」に対する意識が希薄で無機質な雰囲気をもった彼女だが、次第にサードチルドレン・碇シンジに心を開いていき、笑顔や嫉妬といった、「人間らしい」豊かな表情や感情をみせるようになる。
「あなたは死なないわ…。私が守るもの。」
「ごめんなさい。こういうときどんな顔をすればいいかわからないの。」
「私が死んでも代わりはいるもの」
「これが涙。泣いているのは私？」
惣流・アスカ・ラングレー
2001年12月4日 O型→A型。
第3新東京市立第壱中学校2年A組
エヴァンゲリオン弐号機パイロット
（セカンドチルドレン）
14歳にして大学を卒業している天才で、独日ハーフの母とドイツ人の父から生まれたクォーター。シンジとは対照的な、明るく負けず嫌いな性格をしており、プライドが非常に高い。しかし、その裏側では、幼少時に母を死なせてしまったという暗く重い過去を引きずっている。そのため、誰にも負けられないといった強気な言動を見せるが、少しでも自信を失うと崩れるようにボロボロになってしまうという脆い一面がある。そして、「バカシンジ」と見下していたシンジが自分より高いシンクロ率を記録したことをきっかけに、感情が爆発。さらに使徒に敗北することで、自分の存在意義を見失い、廃人状態になってしまう。しかし、劇場版第25話では、弐号機に宿っている母の魂に気づいたことによって立ち直り、戦略自衛隊や複数の量産機相手に獅子奮迅の活躍を見せる。
「あんたバカァ？」
「ねえ、シンジ。キスしようか。」
「死ぬのはイヤ… 死ぬのはイヤ…死ぬのはイヤ…死ぬのはイヤ…死ぬ のはイヤ…」
「アンビリカルケーブルがなくったって、こちとらには1万2000枚の特殊装甲と…ATフィールドがあるんだからっ！」
葛城ミサト
29歳 血液型A型。生年月日は1986年12月8日
NERV戦術作戦部作戦局第一課
階級は一尉
（第拾弐話で三佐に昇進）
本作の真の主人公ともいえる重要なキャラクター。シンジとアスカの保護者（3人で同居している）でEVAの戦闘指揮官を務めている。ずぼらで大雑把な性格をしているが、幼少時に、父が隊長を務める葛城調査隊に同行してセカンドインパクトに遭遇したという過去を持つ。そのなかで唯一の生存者であるが、心身ともに深い傷を負ってしまうこととなる。赤木リツコや加持リョウジとは大学時代からの知り合いで、加持とは恋人関係だった。加持とは一度別れた後、再び恋人関係となるも、加持は独自に調査したセカンドインパクトの真実をミサトに託して死亡。NERV設立の真の理由を知らないミサトは、加持の残したセカンドインパクトの真実をもとに、組織や人類補完計画の真相について調べ始める。
「希望的観測は人が生きていくための必需品よ」
「奇跡ってのは、起こしてこそ、初めて価値が出るものよ」
「来週もサービス、サービス」（次週予告）
赤木リツコ
血液型B型。生年月日は1985年11月21日
30歳。NERV技術開発部技術局第一課所属
（E計画担当）
エヴァンゲリオン開発責任者で、スーパーコンピューターシステム「MAGI」の管理・運営を担当する科学者。MAGI開発者である、母・赤木ナオコと同様に、碇ゲンドウとは愛人関係にある。また、NERVやEVAの真実を知っている数少ない人物のひとりだが、人類補完計画の全てを知らされているわけではない。
「ロジックじゃないものね、男と女は…」
「カスパーにはね、女としてのパターンがインプットされてたの。
最後まで女でいることを守ったのね。 …ほんと、母さんらしいわ。」
