第25話 Air
EPISODE:25 Love is Destructive
最後の使徒が死んだことと、ゼーレの描いた「人類補完計画」を拒絶したことで、NERVは戦略自衛隊による攻撃を受ける。戦自の圧倒的な戦力の前に、血の海と化すNERV本部。そんななか、弐号機の中でうずくまっていたアスカは、トラウマだった母親の本当の姿と愛を見つけ、復活を遂げる。ゼーレが投入した9機のEVA量産機を相手に、アスカと弐号機が孤軍奮闘を続けていたとき、シンジは、死にゆくミサトに本当の想いを明かしていた。また、レイを連れたゲンドウはリツコへ最後の言葉を告げた。そして、EVA初号機に連れ出されるように地上に出たシンジが見たものは、凌辱され、残骸と化した弐号機の姿だった。
第26話 まごころを、君に
ONE MORE FINAL: I need you.
アスカの悲惨な姿にシンジは絶叫する。それに反応したかのように月から飛来したオリジナルのロンギヌスの槍が初号機に突き刺さる。また、量産機はゼーレによる人類補完計画遂行の儀式を執行するため、翼を広げて空を舞い始める。一方、ゲンドウによる人類補完計画（アダムとリリスの融合）の失敗により、レイは巨大化し、初号機は生命の樹へ還元された。そして全てを託されたシンジの願いにより、全生物が持つATフィールドは消滅、ヒトはL.C.L.に溶け、そこは境界の無いひとつの世界となった。だが、シンジが他者の存在を望んだ瞬間にロンギヌスの槍は崩壊。初号機の中に存在している母とシンジはついに出会ったのだった。人類補完計画終了後、赤いL.C.L.の海とその浜辺に横たわるシンジとアスカだけが残っていた。黙ってアスカの首を絞めるシンジに対し、アスカはただひとことだけ言葉を告げる。
