第拾四話 ゼーレ、魂の座
EPISODE:14 WEAVING A STORY
人類補完委員会に第11使徒の侵入の事実を問いただされるゲンドウはそれを否定する。そのころNERVでは、パイロットと機体の相互互換試験が行われていた。初めて零号機に乗り、レイの匂いを感じるシンジだったが、突然、シンジの精神パルスに異常が発生。零号機からシンジへの精神汚染により暴走する零号機がとった行動が示すものは一体…。
第拾伍話 嘘と沈黙
EPISODE:15 Those women longed for the touch of others' lips, and thus invited their kisses.
友人の結婚式に出席することとなった、ミサト、リツコ、加持はひさしぶりに3人で一緒に呑むことに。その頃、シンジとゲンドウは一緒に母の墓参りをしていた。リツコに、遠まわしに二重スパイのことを指摘される加持と、加持に対して複雑な感情を抱くミサト。そして加持は、NERV本部のターミナルドグマでミサトにあるものを見せる。
第拾六話 死に至る病、そして
EPISODE:16 Splitting of the Breast
ディラックの海と呼ばれる虚数空間を内蔵する第12使徒レリエルは、初号機ごとシンジを自らの内部に取り込む。ミサトらはシンジと初号機をサルベージする策を講じる。その頃シンジは、ディラックの海で果て無き自問自答を繰り返していた。パイロットよりEVAの機体を優先したNERVは、初号機救出のためにN2爆雷を投下することを決定し、実行に移そうとするが…。
第拾七話 四人目の適格者
EPISODE:17 FOURTH CHILDREN
Ｓ2機関実験中のEVA4号機と共に消滅した、アメリカのNERV第2支部に代わり、日本のNERV本部でEVA3号機の起動試験が行なわれることに。そして、エヴァンゲリオンのパイロットとなる子供を選出するための、人類補完委員会直属の諮問機関「マルドゥック機関」によって、3号機の専属パイロットが導き出される。その結果に驚いたミサトは、加持にマルドゥック機関の正体を聞かされる。
第拾八話 命の選択を
EPISODE:18 AMBIVALENCE
起動試験開始直後に暴走し出すEVA3号機。原因は、3号機に侵入したと思われる粘菌状の第13使徒バルディエル。ゲンドウはすぐさま3号機を「使徒」に認定、レイとアスカが殲滅を試みるも、為すすべなく、やられてしまう。いまだにトウジが3号機のパイロットであることを知らないシンジは、使徒と認定された3号機を前に一歩も動けずにいた。
第拾九話 男の戰い
EPISODE:19 INTROJECTION
ゲンドウへの怒りを爆発させたシンジは、EVAを降りることを決意する。またしてもNERVを去ろうとしたところに、新たな使徒が襲来。圧倒的な強さを誇る第14使徒ゼルエルに次々と倒されるEVAを目の当たりにしたことと、ある人物の助言によりシンジはNERVへ戻る。シンジの乗る初号機は最強の使徒を相手に互角に戦うが…。
