第壱話 使徒、襲来
EPISODE:01 ANGEL ATTACK
疎遠となっていた父に呼び出され、第３新東京市に降り立ったひとりの少年・碇シンジ。そこで繰り広げられていたのは、謎の生命体「使徒」と国連軍との戦闘だった。使徒の前に無力と化す国連軍、ついに作戦指揮権は彼らから特務機関NERVの司令官・碇ゲンドウへ移行する。シンジは葛城ミサトに連れられて、特務機関NERV本部へ向かうが、そこにあったのは、「エヴァンゲリオン（＝EVA）」と呼ばれる汎用人型決戦兵器だった。自分が呼ばれた理由を知り、苦悩するシンジだったが、使徒との戦いで傷つきながらも、さらに戦いに出向こうとする少女（＝綾波レイ）の姿を見て、EVAに乗ることを決意する。
第弐話 見知らぬ、天井
EPISODE:02 THE BEAST
使徒との激闘から生還したシンジは父ゲンドウではなく、指揮官の葛城ミサトに引き取られることになる。EVA、使徒、NERV、傷ついた少女、ミサト、ゲンドウ…、上を見上げても、そこにあるのは見知らぬ天井だけだった。そんななか、シンジの脳裏に失われていた記憶が甦る。それは、戦闘中に見たEVAの恐ろしい姿だった。
第参話 鳴らない、電話
EPISODE:03 A transfer
第3新東京市立第壱中学校に転入したシンジは、ひとり孤独だったが、ひょんなことから彼がEVAのパイロットであることが発覚し、クラスメートからの注目を浴びることとなる。しかし、それと同時に、先の戦闘で妹が負傷したというトウジからは冷たい仕打ちをされる。自分の立場に悩みつつも、使徒迎撃のために再び出撃したシンジは、避難用シェルターから抜け出したトウジと彼の友人・ケンスケの姿を発見する。
第四話 雨、逃げ出した後
EPISODE:04 Hedgehog's Dilemma
自分が身をおく非日常的な生活に耐えられなくなったシンジは、現実からくる痛みから逃避するように、ミサトの下を去ってしまう。行くあてもなくさまようシンジは、クラスメートのケンスケと出会い、ひとときの安らぎを得るが、NERVによって連れ戻されてしまう。ミサトから厳しく冷たい言葉を浴びせられたシンジは、第3新東京市を離れることに。出発の日、駅にはケンスケとトウジの姿があった。そしてミサトもまた、車を走らせていた。
第伍話 レイ、心のむこうに
EPISODE:05 Rei I
感情を表に出さず、ゲンドウにしか心を開かない少女・綾波レイ（EVA零号機パイロット）に興味を抱くシンジ。彼女の家に学校のプリントを届けにいくことになった彼は、シャワーあがりのレイに遭遇し、驚いて押し倒してしまう。一方、彼女は、父に対する愚痴をこぼすシンジの頬を叩く。そして、傷が完治したレイのEVA零号機再起動実験はなんとか成功をみる。しかしそこに、また新たな使徒が出現。シンジは初号機で出撃するが…。
第六話 決戦、第3新東京市
EPISODE:06 Rei II
第５使徒ラミエルの加粒子砲を受け、装甲を解かされたEVA初号機。高精度の遠距離攻撃と強力なA.T.フィールドを持つ第５使徒に対しミサトは、日本全国から集めた電力を用い、使徒の射程外からエヴァ用に改造したポジトロンライフル（陽電子砲）で超長距離狙撃を行うという 「ヤシマ作戦」を立案、実行する。作戦中、生命の危機に陥った綾波レイは、命を張って救ってくれたシンジに対して、初めて人間らしい感情や表情を見せる。
